Alignering

Door na de laatste alignering de consensussequenties weer uiteen te halen, wordt de alignering bekomen.

Net als bij paarsgewijze alignering kan er aan de alignering een beoordelende waarde toegekend worden.

Daarmee wordt het zoekproces drastisch verkleind, met weliswaar als risico de beste alignering te mislopen.

De meervoudige alignering wordt dan aan de hand van die gevormde boom opgesteld.

Meervoudige alignering Aligneren beperkt zich niet tot het paarsgewijs vergelijken, dus van twee sequenties, maar kan ook toegepast worden op het tegelijk aligneren van meerdere sequenties.

Ze leveren wel de optimale alignering voor het gegeven scoresysteem, maar de complexiteit ervan is relatief hoog.