Gomaristen

Omstreeks 1625 nam hij deel aan de strijd tussen de Arminianen en Gomaristen.

De arminianen die onder het volk in de minderheid waren, maar vooral in Holland onder de regenten een meerderheid vormden, kregen te maken met tegenstand van de gomaristen.

Episcopius had bij de gomaristen een zeer slechte reputatie en een reis naar Parijs in 1615 leidde tot een stroom van geruchten dat hij aan de omgang met jezuïeten de voorkeur gaf boven die met gereformeerden.