Kyuubi

De Jinchurikis hebben nog de mogelijkheid om te transformeren en maken het Naruto zo moeilijk, dat Kurama (echte naam van de Kyuubi), Naruto zijn volledige krachten geeft en samen met hem vecht.

In Naruto Shippuden is het verhaal vooral gericht op de vijandige organisatie Akatsuki, die op zoek is naar Bijuus (Tailed Beasts zoals de Kyuubi in Naruto), en het terugvinden van Naruto's jeugdvriend Sasuke Uchiha.

Jiraiya verwijdert deze zegel met een "Five element unsealer" (Gogyo kaiin). hierna mengt de chakra van de kyuubi en Naruto weer regelmatig waardoor naruto zijn chakra weer effectief kan gebruiken.

Konohamaru gaat mee trainen met Naruto, tot grote schrik van Ebisu, die Naruto ziet als de Demonenvos (Kyuubi, een monster dat in Naruto verzegeld zit) zelf.

Nadat Kushina de waarheid had onthuld helpt ze Naruto om de Kyuubi te verslaan.

Naruto gaat dan een gevecht aan met de Kyuubi.

Rin werd een medische ninja en Obito ging op die bewuste dag dood, maar later raakte ook Rin zoek tijdens het gevecht met de Kyuubi.

Zij vertelt hem wat er zestien jaar geleden, toen de Kyuubi Konoha aanviel, gebeurde.

Zij was de voormalige Jinchuriki van de Kyuubi, maar tijdens de bevalling verzwakte het zegel dat hem vasthield.

Hier leert hij zijn moeder Kushina kennen, van wie een deel van haar chakra in Naruto verzegeld zat. Zij vertelt hem wat er zestien jaar geleden, wanneer de Kyuubi Konoha aanviel, gebeurde.

Op bevel van Tsunade gaat Naruto later naar een verlaten eiland om controle te kunnen krijgen over de Kyuubi.

Uchiha Madara sloot een deal met hun dat zij het acht-staartige beest moesten vangen en dat zij de "Kyuubi"(negen-staartige beest, Uzumaki Naruto)mochten hebben.

Terwijl Naruto en Kushina aan het vechten zijn met de Kyuubi is de oorlog begonnen (Fourth Great Shinobi War), maar Naruto zelf wist van niks.