Parafyletisch in een zin

Een tweede verklaring is dat de Sphenacodontidae parafyletisch zijn en dus in feite niet één aftakking zouden vertegenwoordigen maar een reeks afsplitsingen waarvan dan de laatste pas de Therapsida waren.

Aangezien bij deze classificatie de Therapsida en de zoogdieren traditioneel buiten de orde Pelycosauria werden geplaatst, is deze orde in feite parafyletisch : niet alle afstammelingen behoren ertoe.

Al spoedig toonden kladistische analyses aan dat de soort daarin meestal niet als zustertaxon van typesoort E. ranzii uitviel, zodat het geslacht Eudimorphodon parafyletisch of polyfyletisch werd.

De analyse wijst erop dat het geslacht Aguascalientia mogelijk parafyletisch is.

De slangen zijn niet opgenomen, waardoor onderstaande indeling parafyletisch is.

Dit heeft verregaande gevolgen voor de huidige indeling omdat het begrip evenhoevigen daarmee parafyletisch is geworden.

Een taxon wordt parafyletisch genoemd als de laatste gemeenschappelijke voorouder van een groep organismen zelf wel tot dat taxon behoort (zodat het niet polyfyletisch is) maar niet alle afstammelingen ervan in de groep geplaatst zijn.

Met de introductie van moleculaire technieken voor onderzoek naar verwantschappen ( DNA-sequencing ) werd duidelijk dat het geslacht parafyletisch was.

Reptilia is dus een parafyletisch taxon.

Ze was dus opzettelijk parafyletisch : een groep die niet alle afstammelingen bevat.

Een klade is per definitie niet parafyletisch maar monofyletisch : alle soorten van de aftakking vallen eronder.

Een parafyletisch geslacht is om die reden ongewenst.

Fylogenie Lesothosaurus werd oorspronkelijk door Galton in de Fabrosauridae geplaatst, maar deze groep wordt tegenwoordig als parafyletisch afgewezen, wat de soortaanduiding wat ironisch maakt.

Gebleken is dat de Protoneuridae parafyletisch zijn en gesplitst moeten worden in een groep uit de oude wereld en de nieuwe wereld.

Niet alleen de orde als geheel is parafyletisch maar ook de familie binnen die orde waartoe de voorouder van de latere therapsiden en zoogdieren door dit systeem gerekend zou zijn.

Omdat de klasse Ostracodermi parafyletisch is (dat wil zeggen dat de verschillende taxa binnen de groep niet direct evolutionair verwant zijn) wordt ze in moderne indelingen meestal niet opgenomen.

Omdat de slangen zijn ontstaan uit hagedissen, was deze groep echter parafyletisch : een groep die niet alle nakomelingen omvat.

Tegenwoordig wordt het taxon van de protisten niet meer erkend, Campbell & Reece (2008), p 575 omdat ze parafyletisch is: niet alle afstammelingen worden tot de protisten gerekend.

Zijn benoeming zou het geslacht Pentaceratops dus parafyletisch maken, een algemeen als ongewenst geziene situatie.